Abstract 1686: Identification of potential prostate cancer biomarkers associated with TMPRSS2-ERG fusion and PTEN deletions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: ERG gene rearrangements and PTEN genomic deletions have been shown to be associated with specific molecular subtype of prostate cancer (PCA). It has been also suggested that tumors showing those two genetic aberrations are associated with worse prognosis compared to tumors with none of those genetic aberrations. In this study, we investigated gene expression differences between those two classes of tumors to identify potential genetic targets and pathways Material and Methods: 6144 informative genes belonging to 59 HRPCA samples were previously studied using the DASL platform. We used Singular Value Decomposition (SVD), as an effective method for analyzing gene expression data based on their ERG and PTEN status. We used the normal prostate cell line RWPE-1 as well as different prostate cancer cell lines (LNCaP, VCaP, DU145 and PC-3) to validate the results of microarray expression profiling. We screened for the expression of the different proteins by means of real time PCR and western blot studies. Results: MMP1 and LEF1 protein expression was much higher in VCaP cells and almost absent in RWPE-1 cells while MEIS2, CHD5 and Syntenin were expressed differently between cell lines and were not specifically in VCaP which is only cell line that harbor the ERG fusion. Conclusion: In this preliminary study we show that MPP1 and LEF-1 might be associated with the TMPRSS2-ERG fusion since their expression was much higher in VCaP cell line compared to other cell lines. However, further studies are still needed to confirm these results in TMPRSS2-ERG knockdown VCaP cells. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 1686. doi:1538-7445.AM2012-1686
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».