Characterization of an Alkaline Transition Intermediate Stabilized in the Phe82Trp Variant of Yeast<i>iso</i>-1-Cytochrome<i>c</i>
Notice bibliographique
Résumé
In general, mutation of the phylogenetically conserved residue Phe82 in yeast iso-1-cytochrome c destabilizes the native conformation of the protein by facilitating the ligand exchange reactions that are associated with the alkaline conformational transitions of the ferricytochrome. Of the Phe82 variants surveyed thus far, Phe82Trp is unique in that it adopts a thermodynamically stable, high-spin conformation at mildly alkaline pH. This species exhibits spectroscopic features that can only be detected transiently in other ferricytochromes c within the first 100 ms immediately after a pH-jump from neutrality to pH >10. Spectroscopic characterization of this high-spin reaction intermediate suggests that in addition to an obligatory pentacoordinate heme iron, a group within the heme pocket coordinates the heme iron but is then replaced either by Met80, to revert to the native conformation, or by Lys73 or Lys79, to yield one of the conventional alkaline conformers. Evidence is presented to suggest that this group is either a hydroxide ion or Tyr67 rather than a loosely bound Met80.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».