Hemin-Stimulated Docking of Cytochrome <i>c</i> to a Hemin−DNA Aptamer Complex
Notice bibliographique
Résumé
DNA aptamers were selected for their ability to bind simultaneously to the protein cytochrome c and to the metalloporphyrin hemin. Such aptamers each contained a conserved guanine-rich core, analogous to sequences shown previously to form a hemin-binding site when folded. The detailed study of CH6A, a deletion mutant of one clone, indicated that in the presence of hemin the guanine-rich core of the aptamer folded to form a guanine quadruplex. Both hemin and potassium ions were required for this folding. The binding of fully oxidized cytochrome c to this DNA-hemin complex resulted in an absorbance difference spectrum in the Soret region, which could be used as an indicator of binding behavior. It was found that cytochrome c bound more tightly to the folded CH6A DNA-hemin complex than to the folded CH6A DNA alone. A single hemin molecule and a single cytochrome c bound to each molecule of folded CH6A. Footprinting experiments showed the binding site of the cytochrome c to be a partial duplex element of the aptamer, immediately flanking its guanine-rich hemin-binding site. The order of addition of hemin and cytochrome c appeared not to affect either the formation rate or the structure of the final ternary complex. The ternary complex represents the docking of a nucleic acid-heme complex to cytochrome c (a protein-heme complex). Future experiments will focus on investigating the optimal electron-transfer path between the two iron centers through intervening protein and DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».