A genomic island of the sulfate‐reducing bacterium <i>Desulfovibrio vulgaris</i> Hildenborough promotes survival under stress conditions while decreasing the efficiency of anaerobic growth
Notice bibliographique
Résumé
A 47 kb genomic island (GEI) bracketed by 50 bp direct repeats, containing 52 annotated genes, was found to delete spontaneously from the genome of Desulfovibrio vulgaris Hildenborough. The island contains genes for site-specific recombinases and transposases, rubredoxin:oxygen oxidoreductase-1 (Roo1) and hybrid cluster protein-1 (Hcp1), which promote survival in air and nitrite stress. The numbering distinguishes these from the Roo2 and Hcp2 homologues for which the genes are located elsewhere in the genome. Cells with and without the island (GEI(+) and GEI(-) cells respectively) were obtained by colony purification. GEI(-) cells arise in anaerobic cultures of colony-purified GEI(+) cells, indicating that the site-specific recombinases encoded by the island actively delete this region. GEI(+) cells survive better in microaerophilic conditions due to the presence of Roo1, whereas the Hcps appear to prevent inhibition by sulfur and polysulfide, which are formed by chemical reaction of sulfide and nitrite. Hence, the island confers resistance to oxygen and nitrite stress. However, GEI(-) cells have a higher growth rate in anaerobic media. Microarrays and enzyme activity stains indicated that the GEI(-) cells have increased expression of genes, which promote anaerobic energy conservation, explaining the higher growth rate. Hence, while lowering the efficiency of anaerobic metabolism, the GEI increases the fitness of D. vulgaris under stress conditions, a feature reminiscent of pathogenicity islands which allow more effective colonization of environments provided by the targeted hosts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».