Identification and proposal of a potentially new clonal complex that is a common cause of MenB disease in central and eastern Canada
Notice bibliographique
Résumé
This study examined serogroup B meningococci (MenB) from invasive meningococcal disease (IMD) cases in the provinces of Québec and Ontario in the last decade by multilocus sequence typing (MLST) to determine their sequence types (STs) and clonal complexes (CCs). Forty isolates from individual MenB IMD cases were found to belong to 8 related STs, with ST-336 being the founding ST and the other 7 STs being single locus variants of ST-336. Eleven isolates belonged to ST-336, 23 belonged to ST-5571, and the other 6 were represented individually by a single different ST. All but 1 of these 40 isolates have the PorA variable-region type of P1.22,14,36. Interrogation of the Neisseria MLST web site with the present finding did not put any of the 8 related STs into known CCs. Since these 8 related STs were common causes of IMD, with ST-5571 being the most frequently identified ST in Ontario and ST-336 the third most common ST identified in Québec, we propose that ST-336 and its related STs is a potentially new meningococcal clonal complex that is endemic in the Canadian provinces of Québec and Ontario, and they constitute a common cause of IMD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».