Phylogeny of the selected members of family Cornaceae as inferred from PCR-RFLP analysis of chloroplast DNA (cpDNA) and internal transcribed spacer (ITS)
Notice bibliographique
Résumé
PCR-RFLP (polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism) analysis of cpDNA and PCR-RFLP of rDNA were performed to assess the phylogenetic relationship in seven species of the family Cornaceae. Four pairs of primers, trnD/trnT, trnH/trnK, psaA/trnS and rbcL/ORF106, and one restriction enzyme (HinfI) were used for RFLP-PCR of cpDNA, and two primer pairs ITS5/ITS2 and ITS3/ITS4 with one restriction enzyme (HhaI) were used for ITS1 and ITS2 regions of rDNA, successively. Restriction products produced by trnH/trnK-HinfI and psaA/trnS-HinfI for cpDNA and ITS5/ITS2-HhaI and ITS3/ITS4-HhaI for rDNA, generated very informative bands from all of the seven species studied. A total of 147 scores were recorded and used in PHYLIP (phylogeny inference package) to generate a combined phylogenetic tree. The family was divided into two clades: the Aucuba clade and the cornaceous clade. The cornaceous clade further divided into two subclades: the previously suggested blue- or white-fruited dogwoods (C. walteri and C. macrophylla) and the Cornelian cherries (C. officinalis), and the big-bracted dogwoods (C. kousa and C. florida). The opposite-leaved blue- or white-fruited dogwoods were found to be close sisters to the alternate-leaved blue- or white-fruited dogwoods and all sisters to the Cornelian cherries. C. kousa and C. florida were found to be close sisters under big-bracted dogwoods. Based on the topology portrayed by the phylogenetic tree obtained, it is possible to conclude that big-bracted dogwoods are the most primitive member followed by the intermediates – the cornelian cherries, and the blue- or white-fruited dogwoods are the most advanced members, while the Aucuba clade is the most primitive in the family.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».