Assigning morphological variants of <i>Fucus</i> (Fucales, Phaeophyceae) in Canadian waters to recognized species using DNA barcoding
Notice bibliographique
Résumé
The intertidal brown algal genus Fucus (Phaeophyceae) consists of individuals with a generally dichotomously branched habit. Morphological variability within species, combined with morphological similarity between species, renders field identification difficult. In light of recent taxonomic revisions, which reduced 10 taxa traditionally recognized in Canada to four species, we tested the utility of the DNA barcode (mitochondrial cytochrome oxidase 1, 5′) for assigning individuals to these species. We sequenced the DNA barcode for 125 specimens representing all morphologies recognized. We confirmed our results by sequencing the internal transcribed spacer region for 66 specimens. This is the first study to establish that the DNA barcode successfully assigns different morphologies of brown algae to known species as well as other single-gene molecular markers currently used. Furthermore, the results uncovered substantial phenotypic plasticity in Pacific Fucus distichus , from moss-like fragments embedded in estuarine mud, strap-like morphs on exposed rocky coasts, to “spiralis”-like morphs in the upper intertidal whereas phenotypic expression for this species was more restricted in the Atlantic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».