Remarkably diverse and contrasting archaeal communities in a large arctic river and the coastal Arctic Ocean
Notice bibliographique
Résumé
AME Aquatic Microbial Ecology Contact the journal Facebook Twitter RSS Mailing List Subscribe to our mailing list via Mailchimp HomeLatest VolumeAbout the JournalEditorsSpecials AME 44:115-126 (2006) - doi:10.3354/ame044115 Remarkably diverse and contrasting archaeal communities in a large arctic river and the coastal Arctic Ocean Pierre E. Galand1,*, Connie Lovejoy1, Warwick F. Vincent2 1Département de Biologie et Québec-Océan, and 2Département de Biologie et Centre détudes nordiques, Université Laval, Québec G1K 7P4, Canada *Email: pierre.galand@bio.ulaval.ca ABSTRACT: Although the microbial biodiversity of arctic seas has received an increasing amount of attention, little is known about the microbial communities of its inflowing rivers. In this study we examined the molecular diversity of Archaea in the largest arctic river in North America, the Mackenzie River, and in the adjacent coastal Beaufort Sea (Canadian Arctic) during maximum open water conditions (October 2002). The Mackenzie River 16S rRNA clone libraries revealed a remarkably diverse assemblage of archaeal sequences, with an estimated 286 phylotypes defined as sequences with 97% similarity. These grouped mainly within 2 phylogenetic clusters, and were related to sequences earlier retrieved from flooded soils and sediments previously named RC-V and LDS. The marine coastal libraries were of very different composition to those of river libraries and were dominated by Group II Euryarchaeota followed by Group I Crenarchaeota. These coastal assemblages had greater archaeal diversity (18 to 23 phylotypes) than previously reported for marine communities elsewhere, and differed from previously described central Arctic Ocean assemblages. This may reflect the heterogeneous mixture of organic substrates and particles available for microbial heterotrophy in arctic coastal waters and the use of an alternative primer pair (109f-915r) in this study. The coastal sequences grouped within typical marine clusters, and we therefore conclude that they were an active autochthonous community rather than one derived from the large inflowing river. These results underscore the rich microbial diversity in arctic rivers and their adjacent coastal marine ecosystems. KEY WORDS: Taxonomic diversity · Archaea · SSU rDNA · Canadian Arctic · RFLP · Cloning Full text in pdf format PreviousNextExport citation RSS - Facebook - Tweet - linkedIn Cited by Published in AME Vol. 44, No. 2. Online publication date: September 12, 2006 Print ISSN: 0948-3055; Online ISSN: 1616-1564 Copyright © 2006 Inter-Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».