Evaluation of AMPK Genes as Candidates for Production Traits in Buffalo Breeds of Pakistan
Notice bibliographique
Résumé
The 5’-activated protein kinase (AMPK) also called PRKA is a heterotrimeric protein complex that regulates cellular metabolism in response to nutritional stress in mammals. Total length of AMPK gene is 6500 base pairs. AMPK γ3 has 884 base pairs comprises of exon 3, intron 3 and exon 4. AMPK γ3 gene was studied on DNA from three buffalo breeds (Nili, Ravi and Nili Ravi) of Pakistan. Amplification of this region was done from position 918 in exon to position 1802 just downstream of exon 4, using primers U1A-GAGCAAGGAGACAGCACTTCA (918-938) and U2B-ACCTGTAGCATGGTGTC GAAGA (1781-1802) with Amplictaq Gold, at annealing temperature 60oC. Sequencing of PRKA γ3 UP SEQ1 5’-GACCTCAGCATCCAGGCT and PRKA γ3 UP SEQ2 5’-GACAGTAACTCCATCTTCCA was done. The results showed that at position 1069, Allelic frequency of C/T was 0.35, T/T was 0.05 and frequency of C/C was 0.40. At position 1343, frequency of A/G was 0.1 and A/A was 0.9. At 1381 position, frequency of C/T was 0.35, T/T was 0.05 and C/C was 0.6. At position 1488, the A/G was 0.35, A/A was 0.05and G/G was 0.6. The detected SNP at 1343 is A/G which is the ancient haplotypes of PRKAG3 in Nili Ravi buffalo breeds from Pakistan. These SNPs in AMPK gene can be used as marker for efficient utilization of energy in these three buffalo breeds of Pakistan that will increase the economic returns to farmers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».