Enhancer-Blocking Activity Is Associated with Hypersensitive Site V Sequences in the Human Growth Hormone Locus Control Region
Notice bibliographique
Résumé
Activation of the human growth hormone gene (hGH-N) is linked to a locus control region (LCR) containing four (I-III, V) hypersensitive sites (HS). Pit-1 binding to HS I/II is required for efficient pituitary expression. However, inclusion of HS III and V, located about 28 and 32 kb upstream of the hGH-N gene, respectively, is also required for consistent hGH-N expression levels in vivo. HS V is referred to as a boundary for the hGH LCR, but no specific enhancer blocking or barrier function is reported. We examined a 547 bp fragment containing HS V sequences (nucleotides -32,718/-32,172 relative to hGH-N) for enhancer-blocking activity using a well-established transient gene transfer system and assessed these sequences for CCCTC binding factor (CTCF), which is linked to enhancer-blocking activity. The 547 bp HS V fragment decreased enhancer activity with a reverse-orientation preference when inserted between HS III enhancer sequences and a minimal thymidine kinase promoter (TKp). These sequences are associated with CTCF in human pituitary and nonpituitary chromatin. Enhancer-blocking activity with an orientation preference was further localized to a 45 bp sub-fragment, with evidence of CTCF and upstream binding factor 1 (USF1) binding; USF1 is linked more closely with barrier function. The presence of yin and yang 1 (Yy1) that cooperates with CTCF in the regulation of X-chromosome inactivation was also seen. A decrease in CTCF and Yy1 RNA levels was associated with a significant reduction in enhancer-blocking activity. Assessment of CpG-dinucleotides in the TKp indicates that the presence of HS V sequences are associated with an increased incidence of CpG-dinucleotide methylation of the GC box region. These data support association of CTCF and enhancer-blocking activity with HS V that is consistent with a role as a (LCR) boundary element and also implicates Yy1 in this process.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».