Structural model of the TRPP2/PKD1 C-terminal coiled-coil complex produced by a combined computational and experimental approach
Notice bibliographique
Résumé
Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is caused by mutations in TRPP2 and PKD1, which form an ion channel/receptor complex containing three TRPP2 and one PKD1. A TRPP2 C-terminal coiled-coil trimer, critical for the assembly of this complex, associates with a single PKD1 C-terminal coiled-coil. Many ADPKD pathogenic mutations result in the abolishment of the TRPP2/PKD1 coiled-coil complex. To gain molecular and functional insights into this heterotetrameric complex, we computationally constructed a structural model by using a two-step docking strategy, based on a known crystal structure of the TRPP2 coiled-coil trimer. The model shows that this tetrameric complex has a novel di-trimer configuration: An upstream trimer made of three TRPP2 helices and a downstream trimer made of two TRPP2 helices and one PKD1 helix. Mutagenesis and biochemical analysis identified critical TRPP2/PKD1 interface contacts essential for the heteromeric coiled-coil complex. Mutation of these interface positions in the full-length proteins showed that these interactions were critical for the assembly of the full-length complex in cells. Our results provide a means to specifically weaken the TRPP2 and PKD1 association, thus facilitating future in vitro and in vivo studies on the functional importance of this association.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».