Sequencing and modular analysis of the hybrid non-ribosomal peptide synthase – polyketide synthase gene cluster from the marine sponge <i>Hymeniacidon perleve</i>-associated bacterium <i>Pseudoalteromonas</i> sp. strain NJ631
Notice bibliographique
Résumé
In the present study, we sought to confirm a putative non-ribosomal peptide synthase (NRPS) - polyketide synthase (PKS) gene cluster in marine sponge-associated bacterium with cytotoxic activity and elucidate the gene's structural information. The genomic library of the marine sponge Hymeniacidon perleve-associated bacterium Pseudoalteromonas sp. strain NJ631 was constructed using a pCC1FOS fosmid. Positive clones that covered the whole gene cluster region of hybrid NRPS-PKS were selected for shotgun sequencing. The results obtained from BlastX and open reading frame (ORF) analysis indicated that there are 3 big ORFs, NJA1, NJA2, and NJA3, that encoded proteins with similarities to amino acid adenylation, beta-ketoacyl synthase, and non-ribosomal peptide synthase, respectively, from different organisms. The results gave us a clue that there could be PKS or NRPS modules in the 3 ORFs. Further analysis demonstrated 3 ORFs encoding 2 NRPS modules, 1 PKS module, and 3 NRPS modules. Using the specificity-conferring selection rule, the substrate specificity of 4 adenylation (A) domains (A2, A3, A4, and A5) were successfully predicted, and the amino acids of the substrate specificity were glutamic acid - glutamine, serine, D-serine, and Aeo (2-amino-9,10-epoxy-8-oxodecanoic acid), respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».