A Novel Interpretation of Structural Dot Plots of Genomes Derived from the Analysis of Two Strains of <i>Neisseria Meningitidis</i>
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Neisseria meningitidis is the agent of invasive meningococcal disease, including cerebral meningitis and septicemia. Because the diseases caused by different clonal groups (sequence types) have their own epidemiological characteristics, it is important to understand the differences among the genomes of the N. meningitidis clonal groups. To this end, a novel interpretation of a structural dot plot of genomes was devised and applied; exact nucleotide matches between the genomes of N. meningitidis serogroup A strain Z2491 and serogroup B strain MC58 were identified, leading to the specification of various structural regions. Known and putative virulence genes for each N. meningitidis strain were then classified into these regions. We found that virulence genes of MC58 tend more to the translocated regions (chromosomal segments in new sequence contexts) than do those of Z2491, notably tending towards the interface between one of the translocated regions and the collinear region. Within the col-linear region, virulence genes tend to occur within 16 kb of gaps in the exact matches. Verification of these tendencies using genes clustered in the cps locus was sufficiently supportive to suggest that these tendencies can be used to focus the search for and understanding of virulence genes and mechanisms of pathogenicity in these two organisms.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle