Using Quantitative Real Time PCR Melt Curve Analysis of Partial CO1 Sequence for Rapid Biotype Differentiation of<i>Bactericera cockerelli</i>(Hemiptera: Triozidae)
Notice bibliographique
Résumé
The potato psyllid, Bactericera cockerelli (Sulc), is a native of North America and occurs from Central America to Canada. A newly emerging plant pathogen, Candidatus Liberibacter solanacearum, associated with potato psyllids in North America and New Zealand, has become a major concern in many solanaceous crops worldwide. In potato, Solanum tuberosum L., the resulting disease is called zebra chip, but similar foliar and vascular symptoms have been reported in tomato, Solanum lycopersicum L., and peppers, Capsicum annuum L. To date, it is known that potato psyllids transmit Candidatus Liberibacter solanacearum, and they are the primary mode of pathogen spread in potato, tomato, and pepper agroecosystems in North America and New Zealand. Potato psyllids have a rather wide range of hosts, including wild plants, from which the psyllids may spread to crop plants. Within the insect species, B. cockerelli, two biotypes are reported to exist. This differentiation was originally associated with hardiness to cold temperatures and can be monitored through genotypic variations in the cytochrome oxidase 1 (CO1) gene. In this study, two potato psyllid biotypes from four locations were delineated by melt temperature analysis following Sybr Green quantitative real-time PCR. In North Dakota, a northern extreme for the central range of potato psyllids, 100% of samples were “Central Biotype”; whereas, both biotypes (Central and Western) were found in Colorado where the two biotypes seem to overlap.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».