Molecular Phylogenetics of Bromus (Poaceae: Pooideae) Based on Chloroplast and Nuclear DNA Sequence Data
Notice bibliographique
Résumé
We conducted a phylogenetic analysis to characterize relationships among Bromus and test the monophyly of five of the seven morphologically distinct groups within Bromus (Poaceae: Pooideae) that have been treated as sections, subgenera, or genera. We sequenced the chloroplast trnL (UAA) intron, the 3'-end of the chloroplast ndhF gene, and the internal transcribed spacers (ITS) of the nuclear ribosomal DNA region for 46 species that represent a large proportion of the morphological and geographical diversity in the genus. Independent analyses of plastid and nuclear ribosomal data identified several lineages in Bromus, but there is some evidence of incongruence between these linkage groups. Nuclear ribosomal trees indicate that two clades comprising some North and South American species of sect. Bromopsis are the successive sister groups of the rest of the genus, and that Old World species of sect. Bromopsis are more closely related to sects. Ceratochloa and Neobromus than they are to the remaining North American species of sect. Bromopsis. In contrast, plastid trees indicate a close relationship between Old World and some North American species of sect. Bromopsis. In the nuclear ribosomal trees, sects. Genea and Bromus (if sect. Triniusia is included within it, as treated by most authors) are monophyletic and not closely related. In the plastid trees, species of these two sections are intermixed, supporting a hybrid origin for B. pectinatus. The monophyly of sect. Ceratochloa is supported in the plastid and nuclear ribosomal trees, and the monophyly of sect. Neobromus is robustly supported in the nuclear ribosomal trees. Current classification schemes do not reflect phylogenetic relationships in Bromus. Tentative evidence of conflict among nuclear and plastid data partitions needs clarification with more robustly supported plastid and nuclear ribosomal gene trees.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».