Development of a method for mRNA differential display in filamentous fungi: comparison of mRNA differential display reverse transcription polymerase chain reaction and cDNA amplified fragment length polymorphism in <i>Leptosphaeria maculans</i>
Notice bibliographique
Résumé
We modified a technique, cDNA-AFLP, for identifying differentially expressed genes in plants to work in the filamentous fungus Leptosphaeria maculans (Desmaz.) Ces. & De Not. The cDNA fragments generated by our method ranged in size from approximately 100 to 400 bps. On average, twice as many cDNA fragments were amplified per primer set with cDNA amplified fragment length polymorphism in comparison with mRNA differential display reverse transcription polymerase chain reaction. The DNA fragments of interest were excised from gels and analyzed by single-stranded conformation polymorphism to eliminate nondifferentially expressed cDNA contamination. The method was used to examine gene expression differences between cultures grown in the presence or absence of an analog of the Brassica phytoalexin brassinin. Eleven of the fourteen fragments examined were determined by reverse Northern blot to be differentially expressed. In examining gene expression differences between young cultures not producing sirodesmins and older cultures that were producing these phytotoxins, we found 17 of 25 fragments were differentially expressed. Northern blots with these fragments confirmed the results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».