HIV Type 1 BF Recombinant Strains Exhibit Different pol Gene Mosaic Patterns: Descriptive Analysis from 284 Patients under Treatment Failure
Notice bibliographique
Résumé
Different complex structures of the pol gene have been identified in 284 HIV-1 B/F recombinant sequences obtained from a group of 587 patients under treatment failure from Argentina. To analyze the mosaic structures of these viral sequences and to determine their phylogenetic relationship, the 284 partial pol gene sequences of BF recombinant viruses were amplified by RT-PCR and sequenced. Intersubtype breakpoints were analyzed by bootscanning. Phylogenetic relationships were determined by means of neighbor-joining trees. The analysis of the sequences showed multiple phylogenetic topologies clustering within intersubtype BF reference sequences. At least three different mosaic patterns were found compared to previously described BF-type viruses with unequal distribution in the studied population. The analysis also showed that HIV-1 BF recombinant viruses with diverse mosaic structures are phylogenetically related in their F segments and in selected B fragments with the F1 subtype and with BF recombinant viruses from Brazil, respectively, suggesting a common recombinant ancestor. No association was observed between the prevalence of each mosaic pattern and the frequency of major drug-resistance mutations in PR and RT.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».