Heterogeneity in Control of mRNA Stability by AU-rich Elements
Notice bibliographique
Résumé
AU-rich elements (AREs), located in the 3'-untranslated region of unstable cytokine and chemokine mRNAs, promote rapid decay of otherwise stable mRNAs and may mediate selective mRNA stabilization in response to stimulation with interleukin-1 (IL-1). AREs vary considerably, however, in both size and sequence context. To assess the heterogeneity involved in control of mRNA stability by ARE motifs, human mRNA sequences from IL-1alpha-stimulated HEK293 cells and T98G cells were screened for either instability or stability using both cDNA (950 ARE containing sequences) and Affymetrix oligonucleotide (U95Av2 GeneChip) array analysis. Although ARE-containing mRNAs exhibited a broad range of stability, IL-1alpha promoted stability in a subset of mRNAs that were unstable when transcriptionally induced by tumor necrosis factor alpha. Stabilization of granulocyte/macrophage-colony stimulating factor and IL-8 mRNAs by IL-1alpha was achieved only after 2 h of stimulation, required ongoing protein synthesis, and depended on the activation of p38 MAPK. In contrast, stabilization of Gro3 mRNA in response to IL-1alpha was achieved immediately and was insensitive to inhibitors of protein synthesis and p38 MAPK activation. In concert, these findings demonstrate that ARE sequences are functionally heterogeneous; only a subset of unstable mRNAs is sensitive to stabilization by IL-1alpha. Moreover, IL-1alpha promotes stabilization of unstable mRNAs through distinct mechanistic pathways that distinguish between specific mRNA sequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».