Characterization of <i>Staphylococcus aureus</i> Isolates with a Partial or Complete Absence of Staphylococcal Cassette Chromosome Elements
Notice bibliographique
Résumé
Detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) by single-locus PCR assays that target the extremity of the staphylococcal cassette chromosome-mec (SCCmec) and part of the adjacent S. aureus-specific open reading frame gene (orfX) is a significant diagnostic advancement, since it provides real-time detection directly from screening specimens. However, isolates harboring mecA deletions within SCCmec may result in false-positive identification of MRSA in these assays. We characterized 24 methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) isolates that tested positive in one such assay to investigate this phenomenon. Seven isolates resembled USA100 and carried SCCmec II elements with mecA deletions that spanned 20 to 46 kbp. The mecA excisions in USA100-resembling isolates appeared to be linked with IS431 transposable elements present in SCCmec II. For 17 isolates that resembled USA400 and/or MSSA476, the identity and possible excision of SCC elements could not be confirmed. The downstream common sequence (dcs) shared by SCCmec I, II, and IV elements was detected in these isolates. Sequence analysis of the chromosomal regions flanking the missing SCC element revealed an intact SCC integration site, a duplicate dcs, and the enterotoxin gene cluster downstream of orfX. An annealing sequence for one of the SCCmec-specific primers (mecii574) in the single-locus PCR assay was identified in the duplicate dcs. In the absence of SCC, a 176-bp amplicon can be generated from this mecii574 annealing sequence to yield a false-positive result. In conclusion, partial SCCmec II excisions via IS431 elements in strains that resembled USA100 and the presence of a duplicate mecii574 annealing sequence in strains that resembled USA400/MSSA476 were identified as causes for false-positive results in a single-locus PCR assay that targets the SCCmec/orfX junction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».