Detection of the mycoparasite<i>Stachybotrys elegans</i>, using primers with sequence- characterized amplification regions in conventional and real-time PCR
Notice bibliographique
Résumé
A specific and sensitive polymerase chain reaction (PCR) assay was developed for the detection of Stachybotrys elegans, a potential biological control agent and mycoparasite of Rhizoctonia solani. A pair of primers (SE-13F and SE-13R) with sequence-characterized amplification regions was designed and assayed in conventional and real-time PCR to detect S. elegans, in pure cultures and in field soil samples. Following conventional PCR amplification, a product of 880 base pairs was amplified from DNA of all isolates belonging to S. elegans. No product was amplified from DNA of isolates belonging to other species of Stachybotrys, common soil fungi, or bacteria, or from DNA of plant tissue, confirming the specificity of the primers for S. elegans. Stachybotrys elegans was also detected and quantified in field soils, 2 days after its inoculation, using real-time PCR conjugated with the fluorescent SYBR® Green I dye. The assay is reliable and has detected as little as 150 ng of DNA per gram of natural soil. The results of the assay were compared with those of the number of colony-forming units of S. elegans per gram of soil recovered from the same soils. The potential of these specific primers in quantitative PCR assays will facilitate the study of the distribution of the fungus in the soil in field studies of biological control of R. solani.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».