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Enregistrement W1992391104 · doi:10.1038/oby.2010.198

<i>DPP4</i>Gene DNA Methylation in the Omentum is Associated With Its Gene Expression and Plasma Lipid Profile in Severe Obesity

2010· article· en· W1992391104 sur OpenAlexafffund
Valérie Turcot, Luigi Bouchard, Geneviève Faucher, André Tchernof, Yves Deshaies, Louis Përusse, Alexandre Bélisle, Simon Marceau, Simon Biron, Odette Lescelleur, Laurent Biertho, Marie‐Claude Vohl

Notice bibliographique

RevueObesity · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDiabetes Treatment and Management
Établissements canadiensUniversité de MontréalMcGill University and Génome Québec Innovation CentreUniversité du Québec à ChicoutimiUniversité Laval
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchInstitut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec, Université LavalGenome CanadaMcGill University
Mots-clésDNA methylationCpG siteMethylationEndocrinologyInternal medicineGenotypeBiologyMedicineGene expressionGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Severely obese subjects with the metabolic syndrome (MS) have higher dipeptidyl peptidase-4 (DPP4) expression in their visceral adipose tissue (VAT) compared to obese individuals without MS. We tested the hypothesis that methylation level of CpG sites in the DPP4 promoter CpG island in VAT was genotype-dependent and associated with DPP4 mRNA abundance and MS-related phenotypes. The VAT DNA was extracted in 92 severely obese premenopausal women undergoing biliopancreatic derivation for the treatment of obesity. Women were nondiabetic and none of them used medication to treat MS features. Cytosine methylation rates (%) of 102 CpG sites in the DPP4 CpG island were assessed by pyrosequencing of sodium bisulfite-treated DNA. Methylation rates were >10% for CpG sites 94-102. Their mean methylation rate (%Meth(94-102)) was different between genotypes for DPP4 polymorphisms rs13015258 (P = 0.001), rs17848915 (P = 0.0004), and c.1926 G>A (P = 0.001). The %Meth(94-102) correlated negatively with DPP4 mRNA abundance (r = -0.25, P < 0.05) and positively with plasma high-density lipoprotein (HDL) cholesterol concentrations (r = 0.22, P < 0.05), whereas DPP4 mRNA abundance correlated positively with plasma total-/HDL-cholesterol ratio (r = 0.25; P < 0.05). In the VAT of nondiabetic severely obese women, genotype-dependent methylation levels of specific CpG sites in the DPP4 promoter CpG island were associated with DPP4 gene expression and variability in the plasma lipid profile. Higher DPP4 gene expression in VAT and its relationship with the plasma lipid profile may be explained by actually unknown DPP4 biological effect or, to another extent, may also be a marker of VAT inflammation known to be associated with metabolic disturbances.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,079
Score d'incertitude au seuil0,415

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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