A first generation Atlantic halibut <i>Hippoglossus hippoglossus </i>(L.) microarray: application to developmental studies
Notice bibliographique
Résumé
An oligonucleotide microarray containing 50‐mer oligonucleotides representing 9277 unique Atlantic halibut Hippoglossus hippoglossus genes has been designed, printed and is currently being used for the study of gene expression in developing halibut. The oligonucleotides are based on all the Atlantic halibut data available at the time of printing, these included expressed sequence tags (ESTs) and complete cDNAs derived from the Pleurogene sequencing project as well as sequences deposited in GenBank by other groups as of September 2006. Of the Pleurogene ESTs, 5040 are functionally annotated; the remainder are unknown (1016) or are similar to unannotated sequences in GenBank (1626). In addition to Atlantic halibut features, several control features have been incorporated, including an oligonucleotide representing a heterologous plant gene (92 spots) and empty spots containing buffer only (1344). The array contains 48 subgrids, each comprised of 32 columns and 26 rows. Every feature is printed at least four times as side‐by‐side quadruplicates, resulting in a microarray containing 39 936 features. This microarray has been utilized to identify genes differentially expressed in larval Atlantic halibut during the developmental period from post‐hatch to post‐metamorphosis. Early in development, transcription of the gene for hatching enzyme was down‐regulated, whereas a gene involved in eye development was up‐regulated. Midway to metamorphosis, transcription of genes encoding several key digestive enzymes was up‐regulated, and in pre‐metamorphic larvae, transcription of genes encoding muscle proteins was prominent.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».