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Enregistrement W1993331667 · doi:10.1042/bj20091064

A di-arginine motif contributes to the ER localization of the type I transmembrane ER oxidoreductase TMX4

2009· article· en· W1993331667 sur OpenAlexafffund
Doris Roth, Emily M. Lynes, Jan Riemer, Henning Gram Hansen, Nils Althaus, Thomas Simmen, Lars Ellgaard

Notice bibliographique

RevueBiochemical Journal · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEndoplasmic Reticulum Stress and Disease
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNovo Nordisk FondenNovo NordiskAlberta Heritage Foundation for Medical ResearchEidgenössische Technische Hochschule ZürichTerry Fox Foundation
Mots-clésProtein disulfide-isomeraseEndoplasmic reticulumTransmembrane domainTransmembrane proteinER retentionBiologyCytoplasmCalnexinBiochemistryWild typeCell biologySubcellular localizationThioredoxinMembrane proteinMolecular biologyMutantAmino acidEnzymeCalreticulinMembraneGeneReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The thiol-disulfide oxidoreductases of the PDI (protein disulfide isomerase) family assist in disulfide-bond formation in the ER (endoplasmic reticulum). In the present study, we have shown that the previously uncharacterized PDI family member TMX4 (thioredoxin-like transmembrane 4) is an N-glycosylated type I membrane protein that localizes to the ER. We also demonstrate that TMX4 contains a single ER-luminal thioredoxin-like domain, which, in contrast with similar domains in other PDIs, is mainly oxidized in living cells. The TMX4 transcript displays a wide tissue distribution, and is strongly expressed in melanoma cells. Unlike many type I membrane proteins, TMX4 lacks a typical C-terminal di-lysine retrieval signal. Instead, the cytoplasmic tail has a conserved di-arginine motif of the RXR type. We show that mutation of the RQR sequence in TMX4 to KQK interferes with ER localization of the protein. Moreover, whereas the cytoplasmic region of TMX4 confers ER localization to a reporter protein, the KQK mutant of the same protein redistributes to the cell surface. Overall, features not commonly found in other PDIs characterize TMX4 and suggest unique functional properties of the protein.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,279

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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