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Enregistrement W1994275281 · doi:10.1074/jbc.m112.348227

Characterization of DalS, an ATP-binding Cassette Transporter for d-Alanine, and Its Role in Pathogenesis in Salmonella enterica

2012· article· en· W1994275281 sur OpenAlexafffund
Suzanne E. Osborne, Brian R. Tuinema, Mac Mok, Pui Sai Lau, Nhat Khai Bui, Ana M. Tomljenovic-Berube, Waldemar Vollmer, Kun Zhang, M.S. Junop, Brian K. Coombes

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAmino Acid Enzymes and Metabolism
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésSalmonella entericaRegulonPathogenicity islandOperonBiologySalmonellaPeriplasmic spaceEffectorMicrobiologySecretionType three secretion systemIntracellularPathogenIntracellular parasiteHost (biology)ATP-binding cassette transporterCell biologyVirulenceTransporterBacteriaGeneGeneticsRegulation of gene expressionBiochemistryMutantEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Expansion into new host niches requires bacterial pathogens to adapt to changes in nutrient availability and to evade an arsenal of host defenses. Horizontal acquisition of Salmonella Pathogenicity Island (SPI)-2 permitted the expansion of Salmonella enterica serovar Typhimurium into the intracellular environment of host cells by allowing it to deliver bacterial effector proteins across the phagosome membrane. This is facilitated by the SsrA-SsrB two-component regulatory system and a type III secretion system encoded within SPI-2. SPI-2 acquisition was followed by evolution of existing regulatory DNA, creating an expanded SsrB regulon involved in intracellular fitness and host infection. Here, we identified an SsrB-regulated operon comprising an ABC transporter in Salmonella. Biochemical and structural studies determined that the periplasmic solute-binding component, STM1633/DalS, transports D-alanine and that DalS is required for intracellular survival of the bacteria and for fitness in an animal host. This work exemplifies the role of nutrient exchange at the host-pathogen interface as a critical determinant of disease outcome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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