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Enregistrement W1995781028 · doi:10.1002/pro.285

The importance of valine 114 in ligand binding in β<sub>2</sub>‐adrenergic receptor

2009· article· en· W1995781028 sur OpenAlexafffund
Makoto Arakawa, Naveena Yanamala, Jasbir Upadhyaya, Andrew J. Halayko, Judith Klein‐Seetharaman, Prashen Chelikani

Notice bibliographique

RevueProtein Science · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesU.S. National Library of MedicineCanadian Institutes of Health ResearchManitoba Medical Service FoundationManitoba Health Research CouncilUniversity of PittsburghHeart and Stroke Foundation of CanadaNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésG protein-coupled receptorLigand (biochemistry)ChemistryReceptorStereochemistryBinding siteAmino acidAgonistBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

G-protein coupled receptors (GPCRs) are transmembrane signaling molecules, with a majority of them performing important physiological roles. beta(2)-Adrenergic receptor (beta(2)-AR) is a well-studied GPCRs that mediates natural responses to the hormones adrenaline and noradrenaline. Analysis of the ligand-binding region of beta(2)-AR using the recently solved high-resolution crystal structures revealed a number of highly conserved amino acids that might be involved in ligand binding. However, detailed structure-function studies on some of these residues have not been performed, and their role in ligand binding remains to be elucidated. In this study, we have investigated the structural and functional role of a highly conserved residue valine 114, in hamster beta(2)-AR by site-directed mutagenesis. We replaced V114 in hamster beta(2)-AR with a number of amino acid residues carrying different functional groups. In addition to the complementary substitutions V114I and V114L, the V114C and V114E mutants also showed significant ligand binding and agonist dependent G-protein activation. However, the V114G, V114T, V114S, and V114W mutants failed to bind ligand in a specific manner. Molecular modeling studies were conducted to interpret these results in structural terms. We propose that the replacement of V114 influences not only the interaction of the ethanolamine side-chains but also the aryl-ring of the ligands tested. Results from this study show that the size and orientation of the hydrophobic residue at position V114 in beta(2)-AR affect binding of both agonists and antagonists, but it does not influence the receptor expression or folding.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,284

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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