Conformational Biases of Linear Motifs
Notice bibliographique
Résumé
Linear motifs (LMs) are protein-protein interaction sites, typically consisting of ~4-20 amino acid residues that are often found in disordered proteins or regions, and function largely independent from other parts of the proteins they are found in. These short sequence patterns are involved in a wide spectrum of biological functions including cell cycle control, transcriptional regulation, enzymatic catalysis, cell signaling, protein trafficking, etc. Even though LMs may adopt defined structures in complexes with targets, which can be determined by conventional methods, their uncomplexed states can be highly dynamic and difficult to characterize. This hinders our understanding of the structure-function relationship of LMs. Here, the uncomplexed states of 6 different LMs are investigated using atomistic molecular dynamics (MD) simulations. The total simulation time was about 63 μs. The results show that LMs can have distinct conformational propensities, which often resemble their complexed state. As a result, the free state structure and dynamics of LMs may hold important clues regarding binding mechanisms, affinities and specificities. The findings should be helpful in advancing our understanding of the mechanisms whereby disordered amino acid sequences bind targets, modeling disordered proteins/regions, and computational prediction of binding affinities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».