Steady-state kinetics and inhibition of anaerobically purified human homogentisate 1,2-dioxygenase
Notice bibliographique
Résumé
HGO (homogentisate 1,2-dioxygenase; EC 1.13.11.5) catalyses the O2-dependent cleavage of HGA (homogentisate) to maleylacetoacetate in the catabolism of tyrosine. Anaerobic purification of heterologously expressed Fe(II)-containing human HGO yielded an enzyme preparation with a specific activity of 28.3+/- 0.6 micromol x min(-1) x mg(-1) (20 mM Mes, 80 mM NaCl, pH 6.2, 25 degrees C), which is almost twice that of the most active preparation described to date. Moreover, the addition of reducing agents or other additives did not increase the specific activity, in contrast with previous reports. The apparent specificity of HGO for HGA was highest at pH 6.2 and the steady-state cleavage of HGA fit a compulsory-order ternary-complex mechanism (K(m) value of 28.6+/-6.2 microM for HGA, K(m) value of 1240+/-160 microM for O2). Free HGO was subject to inactivation in the presence of O2 and during the steady-state cleavage of HGA. Both cases involved the oxidation of the active site Fe(II). 3-Cl HGA, a potential inhibitor of HGO, and its isosteric analogue, 3-Me HGO, were synthesized. At saturating substrate concentrations, HGO cleaved 3-Me and 3-Cl HGA 10 and 100 times slower than HGA respectively. The apparent specificity of HGO for HGA was approx. two orders of magnitude higher than for either 3-Me or 3-Cl HGA. Interestingly, 3-Cl HGA inactivated HGO only twice as rapidly as HGA. This contrasts with what has been observed in mechanistically related dioxygenases, which are rapidly inactivated by chlorinated substrate analogues, such as 3-hydroxyanthranilate dioxygenase by 4-Cl 3-hydroxyanthranilate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».