Phylogenetic Analysis of the ING Family of PHD Finger Proteins
Notice bibliographique
Résumé
Since the discovery of ING1 class II tumor suppressors in 1996, five different ING genes (ING1 to ING5) encoding proteins with highly conserved plant homeodomain (PHD) motifs and several splicing isoforms of the ING1 and ING2 gene have been identified. The ING family functions in DNA repair and apoptosis in response to UV damage through binding to proliferating cell nuclear antigen (PCNA); chromatin remodeling and regulation of gene expression through regulating and/or targeting histone acetyltransferase/deacetylase (HAT/HDAC) activities; binding targets of rare phosphatidylinositol phosphates (PtdInsPs) that function in DNA damage-initiated stress signaling; and regulating brain tumor angiogenesis through transcriptional repression of NF-KB-responsive genes. To elucidate the evolutionary history of ING proteins and summarize what is known about regions highly conserved in the ING family members, we have examined the sequences and phylogenetic relationships of ING proteins across taxonomically diverse organisms. We have identified novel ING family members in rats, frogs, fish, mosquitoes, fruit flies, worms, fungi, and plants. We have also clarified the naming and classification of ING proteins based on our phylogenetic analysis to allow better understanding of the ING protein family. Using sequence similarities, we have identified novel regions and motifs of unknown function that are conserved across family members. An evolutionary history for the ING family of PHD finger proteins is presented that indicates that five ING genes are present in vertebrates. Three of these may be paralogs of ING genes found in arthropods, whereas nematodes, fungi, and green plants contain ING genes that have general features of the vertebrate ING family.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».