Analysis of Sequence Polymorphism and Population Structure of Tomato chlorotic dwarf viroid and Potato spindle tuber viroid in Viroid-Infected Tomato Plants
Notice bibliographique
Résumé
The sequence polymorphism and population structure of Tomato chlorotic dwarf viroid (TCDVd) (isolate Trust) and Potato tuber spindle viroid (PSTVd) (isolate FN) in tomato plants were investigated. Of the 9 and 35 TCDVd clones sequenced from 2 different TCDVd-infected plants, 2 and 4 sequence variants were identified, respectively, leading to a total of 4 sequence variants of 360 nucleotides in length. Variant I was identical to AF162131, the first TCDVd sequence to be reported, and the rest exhibited 1 to 3 nucleotide differences, all in the T(R) domain, from AF162131/variant I. Of the 33 and 29 PSTVd clones sequenced from 2 different PSTVd-infected plants, 8 and 9 sequence variants were found, respectively, leading to a total of 15 variants ranging in length from 356 to 359 nucleotides. The variant I was identical to EF044303, a PSTVd reported in Russia. The rest exhibited 1 to 11 nucleotide differences scattering in all five domains from EF044303/variant I. The results demonstrated for the first time that TCDVd, like many other viroids including PSTVd, exists in host plants as a collective group comprised of various sequence variants. However, in comparison to PSTVd, TCDVd is less polymorphic in tomato plants as fewer variants and lower haplotype/nucleotide diversities were observed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».