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Enregistrement W1998340024 · doi:10.1107/s090744490301165x

Lessons from an aged, dried crystal of T<sub>6</sub>human insulin

2003· article· en· W1998340024 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section D Biological Crystallography · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueEnzyme Structure and Function
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésCrystallographyRandom hexamerChemistryHydrogen bondZincCrystal structureCarboxylateDimerSide chainIonCoordination sphereStereochemistryMoleculeOrganic chemistryPolymer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The structure of the T(6) hexameric form of human insulin has been determined at both room temperature and 100 K from a single air-dried crystal. At 100 K, the space group is R3 and the asymmetric unit consists of a dimer, as has been observed previously in hydrated structures. At room temperature, the space group is P1 and the unit cell contains a quasi-threefold-symmetric hexamer. In the absence of stabilizing water interactions, the N-termini of all six A chains in the room-temperature structure appear to have undergone partial unfolding, but the N-termini of these chains are well ordered in the 100 K structure. Other differences between the room-temperature and 100 K structures involve the coordination around the zinc ions. At 100 K, both zinc ions clearly exhibit dual coordination: zinc is octahedrally coordinated in one half of the zinc sites but tetrahedrally coordinated in the other half; at room temperature, the electron densities suggest tetrahedral coordination but the bond distances to the fourth ligands are longer than expected. Contrary to what has been observed to date in all other T(6) insulin structures, there are no contacts between pairs of GluB13 residues, either at room temperature or at 100 K, that would suggest the presence of a hydrogen bond. At room temperature, three of the six independent GluB13 side chains are disordered; at 100 K, both independent side chains are disordered. The disorder in the GluB13 side chains and the lack of contacts between carboxylate groups suggests that as a result of disruption of the hydration structure in the central core of the hexamer, all six B13 carboxylates bear a negative charge. This in turn suggests that in the hydrated structures the well ordered water structure in the central core is involved in stabilizing the B13 side-chain conformations and modulating charge repulsions among the six B13 glutamates if they are not protonated, or that, as is considered more likely, the water structure plays an important role in modulating the pK(a) values of the B13 glutamates, resulting in protonation and hydrogen-bond formation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,423
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle