Oxidative Damage to a Supercoiled DNA by Water Soluble Peroxyl Radicals Characterized with DNA Repair Enzymes
Notice bibliographique
Résumé
Earlier work (Paul, T., et al. (2000) Biochemistry 39, 4129-4135) has demonstrated that the water soluble positively charged peroxyl radical, (H(2)N)(2)(+)CC(CH(3))(2)OO(*) ((+)AOO(*)), caused direct strand scission of the Escherichia coli plasmid supercoiled DNA, pBR 322, with ca. 50% scission occurring at a (+)AOO(*)/base pair (bp) ratio of 0.2. There was no measurable direct scission with a negatively charged peroxyl ((-)BOO(*)) at (-)BOO(*)/bp = 24, nor with a neutral peroxyl (COO(*)) at COO(*)/bp = 5. Base modification (BM) of the same DNA by the same peroxyls has now been investigated using four base excision repair (BER) glycosylases. At (+)AOO(*)/bp = 0.04, there is 10% direct strand scission, and the Fpg protein recognized an additional 25% BM, while endonuclease (Endo) IV recognized an additional 20% BM and the other two BER enzymes did not give statistically significant BMs. None of the BER enzymes showed BMs in the DNA treated with -BOO(*). However, Fpg and Endo IV showed that at COO(*)/bp = 3.4 there was a BM comparable to that observed at (+)AOO(*)/bp = 0.04. Thus, COO(*) radicals are only ca. 1.2% as reactive toward the DNA's bases as (+)AOO(*). These results underline the importance of Coulombic forces in DNA reactions. It is also proposed that (+)AOO(*) has a higher intrinsic reactivity in H-atom abstractions and electron transfer processes than (-)BOO(*) or COO(*) radicals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».