Embryonic extracts derived from the nematode Caenorhabditis elegans remove uracil from DNA by the sequential action of uracil-DNA glycosylase and AP (apurinic/apyrimidinic) endonuclease
Notice bibliographique
Résumé
DNA bases continuously undergo modifications in response to endogenous reactions such as oxidation, alkylation or deamination. The modified bases are primarily removed by DNA glycosylases, which cleave the N-glycosylic bond linking the base to the sugar, to generate an apurinic/apyrimidinic (AP) site, and this latter lesion is highly mutagenic. Previously, no study has demonstrated the processing of these lesions in the nematode Caenorhabditis elegans. Herein, we report the existence of uracil-DNA glycosylase and AP endonuclease activities in extracts derived from embryos of C. elegans. These enzyme activities were monitored using a defined 5'-end (32)P-labelled 42-bp synthetic oligonucleotide substrate bearing a single uracil residue opposite guanine at position 21. The embryonic extract rapidly cleaved the substrate in a time-dependent manner to produce a 20-mer product. The extract did not excise adenine or thymine opposite guanine, although uracil opposite either adenine or thymine was processed. Addition of the highly specific inhibitor of uracil-DNA glycosylase produced by Bacillus subtilis to the extract prevented the formation of the 20-mer product, indicating that removal of uracil is catalysed by uracil-DNA glycosylase. The data suggest that the 20-mer product was generated by a sequential reaction, i.e., removal of the uracil base followed by 5'-cleavage of the AP site. Further analysis revealed that product formation was dependent upon the presence of Mg(2+), suggesting that cleavage of the AP site, following uracil excision, is carried out by a Mg(2+)-dependent AP endonuclease. It would appear that these activities correspond to the first two steps of a putative base-excision-repair pathway in C. elegans.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».