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Enregistrement W2000646355 · doi:10.1101/sqb.2003.68.159

Gene Expression Profiling of Cells, Tissues, and Developmental Stages of the Nematode C. elegans

2003· review· en· W2000646355 sur OpenAlexaff
Sheldon McKay, Robert Johnsen, J Khattra, Jennifer Asano, David L. Baillie, Susanna Chan, Nicholas Dube, Li Fang, Barbara Goszczynski, Eunju Ha, Erin Halfnight, Robert E Hollebakken, Panwang Huang, Ko‐Hsuan Hung, Victor L. Jensen, Steven J.M. Jones, Hirofumi Kai, D. Li, Allan K. Mah, Marco A. Marra, James D. McGhee, Rebecca Newbury, Anatoli T. Pouzyrev, Donald L Riddle, Eric Sonnhammer, Helen S. Tian, Domena Tu, John R. Tyson, Greg Vatcher, Adam Warner, Kim Wong, Zhongying Zhao, Donald G. Moerman

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology · 2003
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Aging, and Longevity in Model Organisms
Établissements canadiensSimon Fraser UniversityUniversity of CalgaryUniversity of British ColumbiaBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Institute on Aging
Mots-clésCaenorhabditis elegansBiologyGeneModel organismNematodeGene expressionGene expression profilingOrganismRNA interferenceComputational biologyGeneticsCell biologyRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Completion of the DNA sequences of the humangenome and that of the nematode Caenorhabditis elegansallows the large-scale identification and analysis of orthologs of human genes in an organism amenable to detailed genetic and molecular analyses. We are determining gene expression profiles in specific cells, tissues, anddevelopmental stages in C. elegans. Our ultimate goal isnot only to describe detailed gene expression profiles, butalso to gain a greater understanding of the organization ofgene regulatory networks and to determine how they control cell function during development and differentiation...

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,297
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations317
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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