Real-Time PCRs and Fingerprinting Assays for the Detection and Characterization of <i>Salmonella</i> Genomic Island-1 Encoding Multidrug Resistance: Application to 445 European Isolates of <i>Salmonella, Escherichia coli, Shigella</i> , and <i>Proteus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella Genomic Island-1 (SGI-1) harbors a cluster of genes encoding multidrug resistance (MDR). SGI-1 is horizontally transmissible and is therefore of significant public health concern. This study presents two novel realtime PCRs detecting three SGI-1 protein-coding genes and a SGI-1 fingerprinting assay. These assays were applied to 445 European enterobacterial isolates. Results from real-time PCRs were comparable to those obtained from gelbased PCRs used for the detection of SGI-1, but were rapid to perform and suitable for large-scale screening. Furthermore, real-time PCRs also detected SGI-1 even when only part of the island was present in bacterial isolates. No trace of SGI-1 was detected in isolates other than Salmonella enterica. The fingerprints showed that regions of SGI-1 outside the MDR region exhibited genomic variations between isolates. In conclusion, the realtime PCRs described here are suitable for the detection of SGI-1 in bacterial isolates. Further studies are necessary to elucidate divergence in its non-MDR region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».