Notice bibliographique
Résumé
The rise of proteomics has had tremendous influence on analysis and understanding of the role of post-translational modifications in biological processes. The covalent attachment of small proteins like ubiquitin, SUMO,(1) or other ubiquitin-like proteins (Ubls) is one class of post-translational modifications where proteomics has had notable impact. Various proteomics approaches, but in particular mass spectrometry-based analyses, have influenced the field and enabled significant advances over the past few years. The first meeting dedicated to proteomics of protein degradation and ubiquitin pathways showcased these advances and allowed a glimpse at future contributions of proteomics to this field. With its many attractive drug targets, the ubiquitin and proteasome system, as well as other proteolysis pathways, could offer new therapies for various human diseases including cancer and neurodegenerative disorders. The covalent linkage of ubiquitin to other proteins is catalyzed by the E1-E2-E3 cascade of enzymatic reactions whereby the many different E3 ubiquitin ligases provide substrate specificity to the process of protein ubiquitylation (1). Ubiquitylation is best known for targeting proteins for degradation by the proteasome, but other functions for ubiquitylation independent of proteolysis are also known. Likewise, modifications with SUMO or other Ubls generally do not regulate protein degradation but instead control subcellular localization, protein interactions, or change protein conformation and activity (2). The questions addressed by proteomics approaches to ubiquitylation and Ubl modifications are plentiful. They range from very specific, e.g. determination of the modified residue in a substrate protein, to complex, such as protein dynamics in proteome-wide ubiquitin (or Ubl) modification profiles (3). In either case, the rapid technological advancements (particularly in mass spectrometry instrumentation as well as quantitation and separation technologies) have allowed impressive progress, which was evident in the First Conference on Proteomics of Protein Degradation and Ubiquitin Pathways in Vancouver (http://ppdup.org/) (Fig. 1).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,276 | 0,270 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».