Genetic Relationships among Herpes-Like Viruses Isolated from Sturgeon
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We report the identification of partial DNA polymerase gene sequences of seven herpes-like viruses found in sturgeon Acipenser spp. from North America and Europe. Phenetic comparisons using nucleic acid and deduced protein alignments divided the sturgeon herpes-like viruses into three genogroups. The first genogroup includes the previously described Acipenserid herpesvirus 1 (AciHV-1) and two new isolates from farmed white sturgeon A. transmontanus from California and wild white sturgeon from Idaho. The second genogroup contains the previously described Acipenserid herpesvirus 2 (AciHV-2) and a new isolate from wild white sturgeon found in Oregon. The third genogroup includes two viruses with identical amino acid sequences found in farmed white sturgeon from Italy and Canada. We propose to name the third sturgeon herpes-like genogroup Acipenserid herpesvirus 3 (AciHV-3). The phylogram used for comparing the relationships of these viruses shows strong bootstrap support (82%) for two separate clades among the sturgeon herpes-like viruses. One clade includes all the AciHV-1 isolates, whereas the other clade is divided into subclades. Interestingly, the subclade containing AciHV-2 branches outside the sister relationship between Ictalurid herpesvirus 1 and AciHV-3. An examination of the genogroups indicates that a prior hypothesis that AciHV-2 may have rapidly evolved from AciHV-1 is unlikely; instead, we suggest that AciHV-2 represents a more recent introduction of a new strain of virus to sturgeon farms in California. Lastly, the phylogenetic comparisons strongly suggest a pattern of spatial separation and independent evolution of the herpes-like viral genogroups found in sturgeon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».