Mechanistic Investigation of the Endo-α-<i>N</i>-acetylgalactosaminidase from <i>Streptococcus pneumoniae</i> R6
Notice bibliographique
Résumé
The large (1767-amino acid) endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase from Streptococcus pneumoniae (SpGH101) specifically removes an O-linked disaccharide Gal-beta-1,3-GalNAc-alpha from glycoproteins. While the enzyme from natural sources has been used as a reagent for many years, very few mechanistic studies have been performed. Using the recently determined three-dimensional structure of the recombinant protein as a background, we report here a mechanistic investigation of the SpGH101 retaining alpha-glycoside hydrolase using a combination of synthetic and natural substrates. On the basis of a model of the substrate complex of SpGH101, we propose D764 and E796 as the nucleophile and general acid-base residues, respectively. These roles were confirmed by kinetic and mechanistic analysis of mutants at those positions using synthetic substrates and anion rescue experiments. pK(a) values of 5.3 and 7.2 were assigned to D764 and E796 on the basis of the pK(a) values derived from the bell-shaped dependence of k(cat)/K(m) upon pH. The enzyme contains several putative carbohydrate binding modules whose glycan binding specificities were probed using the printed glycan array of the Consortium for Functional Glycomics using the inactive D764A and D764F mutants that had been labeled with Alexafluor 488. These studies revealed binding to galacto-N-biose, consistent with a role for these domains in localizing the enzyme near its substrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».