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Enregistrement W2003551726 · doi:10.1021/bi0477135

Combined N- and C-Terminal Truncation of Human Apolipoprotein A-I Yields a Folded, Functional Central Domain

2005· article· en· W2003551726 sur OpenAlexaff
Jennifer A. Beckstead, Brian L. Block, John K. Bielicki, Cyril M. Kay, Michael N. Oda, Robert O. Ryan

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCholesterol and Lipid Metabolism
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood Institute
Mots-clésCircular dichroismChemistryHelix (gastropod)DimerCrystallographyIntramolecular forceDenaturation (fissile materials)Protein secondary structureGuanidineHelix bundleProtein structureBiophysicsStereochemistryBiochemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A combined N- and C-terminal truncation variant of human apolipoprotein A-I (apoA-I) was designed, expressed in Escherichia coli, isolated, and characterized. Hydrodynamic experiments yielded a weight average molecular weight of 34000, indicating apoA-I-(44-186) exists in solution predominantly as a dimer. An axial ratio of 4.2 was calculated for the dimer based on sedimentation velocity experiments. Far-UV circular dichroism spectroscopy of apoA-I-(44-186) in buffer indicated the presence of 65% alpha-helix secondary structure. Guanidine hydrochloride denaturation experiments yielded a transition midpoint of 0.5 M for apoA-I-(44-186). ApoA-I-(44-186) induced solubilization of dimyristoylphosphatidylcholine vesicles at a rate comparable to that of full-length apoA-I, displayed lipoprotein binding ability, and was an acceptor of ABCA1-mediated cholesterol efflux from cultured macrophages. Fluorescence quenching studies with KI indicate that the three Trp residues in apoA-I-(44-186) are shielded from the aqueous environment. Taken together, the data indicate that lipid-free apoA-I-(44-186) adopts a folded conformation in solution that possesses lipid binding capability. The central region of apoA-I appears to adopt a globular amphipathic alpha-helix bundle organization that is stabilized by intramolecular and/or intermolecular helix-helix interactions. Lipid association likely results in a conformational adaptation wherein helix-helix contacts are substituted for helix-lipid interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,187
Score d'incertitude au seuil0,389

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,245
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations39
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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