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Enregistrement W2003551726 · doi:10.1021/bi0477135

Combined N- and C-Terminal Truncation of Human Apolipoprotein A-I Yields a Folded, Functional Central Domain

2005· article· en· W2003551726 sur OpenAlexaff
Jennifer A. Beckstead, Brian L. Block, John K. Bielicki, Cyril M. Kay, Michael N. Oda, Robert O. Ryan

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCholesterol and Lipid Metabolism
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood Institute
Mots-clésCircular dichroismChemistryHelix (gastropod)DimerCrystallographyIntramolecular forceDenaturation (fissile materials)Protein secondary structureGuanidineHelix bundleProtein structureBiophysicsStereochemistryBiochemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A combined N- and C-terminal truncation variant of human apolipoprotein A-I (apoA-I) was designed, expressed in Escherichia coli, isolated, and characterized. Hydrodynamic experiments yielded a weight average molecular weight of 34000, indicating apoA-I-(44-186) exists in solution predominantly as a dimer. An axial ratio of 4.2 was calculated for the dimer based on sedimentation velocity experiments. Far-UV circular dichroism spectroscopy of apoA-I-(44-186) in buffer indicated the presence of 65% alpha-helix secondary structure. Guanidine hydrochloride denaturation experiments yielded a transition midpoint of 0.5 M for apoA-I-(44-186). ApoA-I-(44-186) induced solubilization of dimyristoylphosphatidylcholine vesicles at a rate comparable to that of full-length apoA-I, displayed lipoprotein binding ability, and was an acceptor of ABCA1-mediated cholesterol efflux from cultured macrophages. Fluorescence quenching studies with KI indicate that the three Trp residues in apoA-I-(44-186) are shielded from the aqueous environment. Taken together, the data indicate that lipid-free apoA-I-(44-186) adopts a folded conformation in solution that possesses lipid binding capability. The central region of apoA-I appears to adopt a globular amphipathic alpha-helix bundle organization that is stabilized by intramolecular and/or intermolecular helix-helix interactions. Lipid association likely results in a conformational adaptation wherein helix-helix contacts are substituted for helix-lipid interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,245
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations39
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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