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Enregistrement W2004064009 · doi:10.1080/07391102.2009.10507299

The Central Region of BRCA1 Binds Preferentially to Supercoiled DNA

2009· article· en· W2004064009 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueJournal of Biomolecular Structure and Dynamics · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNAHMG-boxDNA supercoilSuperhelixChromatinProtein–DNA interactionMolecular biologyDNA-binding proteinBiologyDNA binding siteElectrophoretic mobility shift assayDNA repairChemistryCell biologyDNA replicationTranscription factorBiochemistryPromoterGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BRCA1 is a multifunctional tumor suppressor protein with implications in regulating processes such as cell cycle, transcription, DNA repair, and chromatin remodeling. The function of BRCA1 likely involves interactions with a vast number of proteins and likewise DNA. To this date there is only fragmentary evidence about BRCA1 binding to DNA. In this study, we provide detailed analyses of various BRCA1 protein constructs binding to linear and supercoiled (sc) DNAs. We demonstrate that the central region of human BRCA1 binds strongly to negatively sc plasmid DNA at a native superhelix density, as evidenced by electrophoretic retardation of sc DNA in agarose gels. At relatively low BRCA1:DNA ratios, binding of BRCA1 to sc DNA results in the appearance of one or more retarded DNA bands on the gels. After removal of BRCA1, the original mobility of the sc DNA is recovered. BRCA1 proteins at higher concentrations also bind to the same DNA but in linear state, leading to formation of a smeared retarded band. Our experiments not only demonstrate a preference for BRCA1 binding to sc DNA, but also show that the central region may contain at least two efficient DNA binding domains with strong affinity for sc DNA. The biological implications of the novel DNA binding activities of BRCA1 are discussed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,076
Score d'incertitude au seuil0,317

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,243
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle