DNA binding sites for putative methylation boundaries in the unmethylated region of the <i>BRCA1</i> promoter
Notice bibliographique
Résumé
Changes in DNA methylation patterns are frequently observed in human cancers and are associated with a decrease in tumor suppressor gene expression. Hypermethylation of the BRCA1 promoter has been reported in a portion of sporadic breast tumours that correspond to a reduction in BRCA1 transcription and expression. Questions remain concerning the maintenance of methylation free zones in promoter regions of tumor suppressor genes in normal tissues. Sodium bisulfite based analysis of the BRCA1 promoter defines a methylation free zone in normal breast tissue that starts 650 bp upstream of the transcription start site and extends for 1.4 kb through most of the BRCA1 CpG island. We provide data implicating 2 proteins, Sp1 and CTCF, in the maintenance of this methylation-free zone. Both of these proteins have been shown to function as methylation boundaries in other genes. Four Sp1 sites have been identified in the BRCA1 promoter by gel shift assays. In vivo binding of Sp1 has been confirmed at 2 of these sites in the BRCA1 promoter and at 2 CTCF sites that flank the unmethylated region. Our data suggest that these DNA binding sites for Sp1 and CTCF may act as boundary elements that are important in maintaining genomic integrity by delineating the normal methylation free BRCA1 promoter. Inactivation or disruption of these boundaries may facilitate an epigenetic "hit", in this case DNA methylation, leading to BRCA1 downregulation and contributing to tumorigenesis, particularly the genesis of sporadic breast tumours.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».