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Enregistrement W2004642989 · doi:10.1111/j.1600-0706.2013.00405.x

The phylogenetic interpretation of biological surveys

2013· article· en· W2004642989 sur OpenAlexafffund
Graham Bell

Notice bibliographique

RevueOikos · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueEcology and Vegetation Dynamics Studies
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaFonds Québécois de la Recherche sur la Nature et les Technologies
Mots-clésSimilarity (geometry)OutgroupPhylogenetic treeSister groupBiologyTaxonEvolutionary biologyPhylogeneticsConvergent evolutionEcologyPaleontologyCladeArtificial intelligenceGeneticsComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The ecological attributes of two species may be similar through convergent evolution or common ancestry. The extent of similarity by descent can be evaluated by comparing them with their most closely‐related outgroup in a given phylogeny. I describe a method of nested sister‐group analysis for estimating ecological similarity based on landscape features or on co‐distribution. The phylogeny is dissected into triplets, each comprising two sister taxa and their outgroup. For a triplet at any phylogenetic level, the similarity of sister groups with respect to some given character can be compared with their joint similarity to the outgroup to give a single test of similarity by descent. Each comparison is independent, and the full set of triplets provides a complete accounting of phylogenetic variation at all levels. This procedure was applied to 188 moderately abundant species of dicots in two independent surveys from adjoining districts of midland England, supplemented by physical surveys of landscape attributes obtained from digitized maps of the same districts. The co‐distribution of sister species was consistently more positive than the co‐distribution of random species pairs, demonstrating the existence of a phylogenetic signal at some level. When sister species are compared with their most closely‐related outgroup, however, neither landscape attributes nor co‐distribution showed any overall similarity arising from common ancestry, in the sense that ecological attributes are not generally conserved after lineage splitting. Instead, the distribution of similarity is strikingly similar to random data. The lack of ecological similarity between closely‐related groups was attributed to rapid character change at or shortly after the splitting of lineages, coupled with a lack of correlation between successive lineage splits.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,058
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,050

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,058
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0050,006
Études des sciences et des technologies0,0010,004
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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