Morphological and molecular characterization of <i>Chalara elegans</i> (<i>Thielaviopsis basicola</i>), cause of black root rot on diverse plant species
Notice bibliographique
Résumé
The extent of variation in colony morphology and chlamydospore size, septation, and pigmentation was studied in 50 isolates of Chalara elegans Nag Raj et Kendrick (syn. Thielaviopsis basicola (Berk. et Br.) Ferr.) originating from 12 different geographic areas and substrates. In addition, the extent of genetic variation among these isolates was determined using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Five general morphological groups could be distinguished among the isolates, two of which were aberrant phenotypes (albino and mycelial) that were derived upon continuous subculture of some wild-type isolates in the laboratory. The isolates with the most variation in phenotype originated from British Columbia and California. Six primers (10-mers) were used to generate 90 bands in RAPD-PCR, of which 75 were polymorphic. A high degree of diversity was apparent within C. elegans, and some banding patterns generated by specific primers were unique to certain isolates, thereby generating fingerprints. Distinct groups (clusters) were obtained following UPGMA analysis and, generally, these were composed of isolates from similar geographic regions or hosts. However, isolates from some areas, for example, British Columbia, were also found to belong to different clusters. There was generally a good relationship between groups assigned on the basis of morphology and those derived from cluster analysis, that is, isolates within a cluster tended to have similar morphology. In a few isolates, the aberrant phenotypes (albino and mycelial) could be distinguished using RAPDs from the wild type by the absence of 1 or 2 bands, indicating that changes in the nucleotide sequence had occurred, possibly through mutation. The average similarity index among all 50 isolates of C. elegans was 87%. An outgroup species (Chalara thielaviodes) had a similarity value of 40%.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».