Analyzing for Co-Localization of Proteins at a Cell Membrane
Notice bibliographique
Résumé
Cell-to-cell communication is mediated by molecular interactions at the surface of the cell by soluble ligands released from distant cells or by cell surface molecules on adjacent cells. These interactions lead to activation of intracellular signaling pathways that subsequently can lead to activation of specific genes. This signal transduction process controls cellular activities as diverse as proliferation, differentiation and apoptosis, so we must understand the underlying molecular events in detail in order to understand broader questions related to development, uncontrolled growth in tumors, tissue regeneration and use of stem cells to name a few. Binding of a ligand in the extracellular space to a transmembrane receptor constitutes the first crucial step for activation of a signaling pathway within the cell. This binding can either lead to oligomerization of individual receptors, to reorganization of existing clusters of receptors or to changes in the protein conformations, which in turn results in recruitment of signaling molecules in the cytoplasm. While different membrane receptors activate different downstream signaling pathways, some receptors can activate more than one pathway and a particular pathway can be activated by different receptors. It appears that these processes are regulated either by agonists and antagonists in the extracellular medium, by receptor-receptor interactions in the membrane or by a number of signaling mediators in the cytoplasm of the cell. Our work has focused on understanding how the intermolecular interactions in the membrane can control the signal transduction process: Are there specialized structures on the surface that facilitate receptor-receptor interactions? Do the receptors exist as monomers or pre-existing complexes that enhance the probability of activation? Do different receptors associate in the same domains or are there distinct organizational principles for each receptor type. In order to address these questions, we seek to develop tools that allow us to examine intermolecular interactions and reactions directly on the cell surface, particularly on live cells in culture or in tissue. This review discusses some of the approaches that are currently available and highlights some of the key advantages and disadvantages they represent with particular focus on image cross correlation spectroscopy as a relatively new quantitative tool developed by us to address some of these issues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».