Molecular characterization of a Canadian human parechovirus (HPeV)-3 isolate and its relationship to other HPeVs
Notice bibliographique
Résumé
A new member of the Parechovirus genus (HPeV-3) has been recently isolated from a stool specimen of a young Japanese child with transient paralysis (isolate A308/99). Three additional HPeV-3 Canadian cases associated with severe neonatal infections were subsequently described by our group. At this time, limited information is available on the molecular characterization of the HPeV-3 genome. In this study, we report the complete genome sequence of a Canadian HPeV-3 isolate (Can82853-01) recovered in 2001 from the nasopharyngeal aspirate of a neonate with a sepsis-like syndrome. The Can82853-01 genome was 7,322 nucleotides (nt) in length and had 96.4%, 77.7%, and 77.5% nt identity with the A308/99 (HPeV-3), HPeV-1, and HPeV-2 reference strains, respectively. Furthermore, the Can82853-01 polyprotein had 98.2%, 86.9%, and 84.7% amino acids identity compared to the same viruses. Most differences between the polyproteins of HPeV-3 isolates and those of HPeV-1 and -2 were located in the VP0-VP3-VP1 capsid region whereas the non-structural proteins were relatively conserved. The primary and predicted secondary structures of 5'UTR and 3'UTR of the HPeV-3 isolates were also different than those of HPeV-1 and -2 reference strains. Phylogenetic analysis confirmed the relatedness between Can82853-01 and A308/99 and their divergence from other picornaviruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».