The Pseudomonas aeruginosa Initiation Factor IF-2 Is Responsible for Formylation-independent Protein Initiation in P. aeruginosa
Notice bibliographique
Résumé
Formylation of the initiator methionyl-tRNA (Met-tRNAfMet) was generally thought to be essential for initiation of protein synthesis in all eubacteria based on studies conducted primarily in Escherichia coli. However, this view of eubacterial protein initiation has changed because some bacteria have been demonstrated to have the capacity to initiate protein synthesis with the unformylated Met-tRNAfMet. Here we show that the Pseudomonas aeruginosa initiation factor IF-2 is required for formylation-independent protein initiation in P. aeruginosa, the first bacterium shown to have the ability to initiate protein synthesis with both the initiator formyl-methionyl-tRNA (fMet-tRNAfMet) and Met-tRNAfMet. The E. coli IF-2, which participates exclusively in formylation-dependent protein initiation in E. coli, was unable to facilitate utilization of Met-tRNAfMet in initiation in P. aeruginosa. However, the E. coli IF-2 was made to function in formylation-independent protein initiation in P. aeruginosa by decreasing the positive charge potential of the cleft that binds the amino end of the amino acid attached to the tRNA. Furthermore increasing the positive charge potential of this cleft in the P. aeruginosa IF-2 prevented the protein from participating in formylation-independent protein initiation. Thus, this is the first demonstration of a eubacterial IF-2 with an inherent capacity to facilitate utilization of Met-tRNAfMet in protein initiation, discounting the dogma that eubacterial IF-2 can only allow the use of fMet-tRNAfMet in protein initiation. Furthermore these findings give important clues to the basis for discriminating the initiator Met-tRNA by IF-2 and for the evolution of alternative mechanisms for discrimination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».