High-resolution single-molecule optical trapping measurements of transcription with basepair accuracy: instrumentation and methods
Notice bibliographique
Résumé
Optical traps allow the single-molecule investigation of the chemo-mechanical properties of biomolecules1. We have developed an ultra-stable optical trapping system capable of ångstr&diaero;m-level position resolution and used it to monitor transcriptional elongation by single molecules of E. coli RNAP polymerase (RNAP). This optical trapping system uses the anharmonic region of the trapping potential, where differential stiffness vanishes, to generate a force-clamp that operates without feedback-associated noise2. We demonstrate methods of calibrating this anharmonic trapping region and strategies to eliminate common sources of noise associated with air currents. Records of transcriptional elongation obtained with this device showed discrete steps averaging ~3.7 Å, a distance equivalent to the mean rise per base found in B-DNA3. To determine the absolute position of the RNAP on the DNA template, we monitored transcription under conditions in which a single nucleotide species was held rate-limiting and then aligned the resulting transcriptional pauses with the occurrence of this rate-limiting species in the underlying template. The aligned pause patterns recorded from four molecules, each measured with a different ratelimiting nucleotide species, were used to determine the sequence of a short region of unknown DNA, demonstrating that the motion of a single processive nucleic acid enzyme may be used to extract sequence information directly from DNA4.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».