Differences in Protonation of Ubiquinone and Menaquinone in Fumarate Reductase from Escherichia coli
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli quinol-fumarate reductase operates with both natural quinones, ubiquinone (UQ) and menaquinone (MQ), at a single quinone binding site. We have utilized a combination of mutagenesis, kinetic, EPR, and Fourier transform infrared methods to study the role of two residues, Lys-B228 and Glu-C29, at the quinol-fumarate reductase quinone binding site in reactions with MQ and UQ. The data demonstrate that Lys-B228 provides a strong hydrogen bond to MQ and is essential for reactions with both quinone types. Substitution of Glu-C29 with Leu and Phe caused a dramatic decrease in enzymatic reactions with MQ in agreement with previous studies, however, the succinate-UQ reductase reaction remains unaffected. Elimination of a negative charge in Glu-C29 mutant enzymes resulted in significantly increased stabilization of both UQ-* and MQ-* semiquinones. The data presented here suggest similar hydrogen bonding of the C1 carbonyl of both MQ and UQ, whereas there is different hydrogen bonding for their C4 carbonyls. The differences are shown by a single point mutation of Glu-C29, which transforms the enzyme from one that is predominantly a menaquinol-fumarate reductase to one that is essentially only functional as a succinate-ubiquinone reductase. These findings represent an example of how enzymes that are designed to accommodate either UQ or MQ at a single Q binding site may nevertheless develop sufficient plasticity at the binding pocket to react differently with MQ and UQ.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle