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Enregistrement W2008213202 · doi:10.1080/15216540211469

tRNALys3: The Primer tRNA for Reverse Transcription in HIV‐1

2002· review· en· W2008213202 sur OpenAlexaff
Lawrence Kleiman

Notice bibliographique

RevueIUBMB Life · 2002
Typereview
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensJewish General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTransfer RNAPrimer binding siteRNAReverse transcriptasePrimer (cosmetics)BiologyNucleotideTranscription (linguistics)Molecular biologyChemistryCell biologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During the assembly of HIV-1, tRNA(Lys) isoacceptors are selectively packaged into the virion, and one of these, tRNA(Lys3), is annealed to the viral RNA genome where it acts to prime the reverse transcriptase (RT)-catalyzed synthesis of viral DNA. We review herein what is known about the selective packaging and annealing of primer tRNA(Lys3). Current evidence suggests that a complex of two major precursor viral proteins, Pr55gag and Pr160(gag-pol), interact with a tRNA(Lys)/lysyl-tRNA synthetase (LysRS) complex during viral assembly, with Pr55gag interacting with both LysRS and Pr160(gag-pol), and RT sequences within Pr160(gag-pol) binding to tRNA(Lys). LysRS appears to target the tRNA(Lys) isoacceptors for incorporation into HIV-1. In the virion, the 3' terminal 18 nucleotides of tRNA(Lys3) anneals to an 18-nucleotide sequence at the 5' terminal region of viral RNA termed the primer binding site (PBS). Evidence is presented that other regions on the tRNA(Lys3) also anneal with other regions in viral RNA upstream of the PBS, resulting in a destabilized tRNA(Lys3) structure. Both viral and tRNA(Lys3) regions need to be denatured to establish annealing, and the roles of both viral and cellular proteins in this process are discussed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,099
Tête enseignante GPT0,347
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations48
Publié2002
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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