Evidence for a Triplex DNA Conformation at the bcl-2 Major Breakpoint Region of the t(14;18) Translocation
Notice bibliographique
Résumé
The most common chromosomal translocation in cancer, t(14;18), occurs at the bcl-2 major breakpoint region (Mbr) in follicular lymphomas. The 150-bp bcl-2 Mbr, which contains three breakage hotspots (peaks), has a single-stranded character and, hence, a non-B DNA conformation both in vivo and in vitro. Here, we use gel assays and electron microscopy to show that a triplex-specific antibody binds to the bcl-2 Mbr in vitro. Bisulfite reactivity shows that the non-B DNA structure is favored by, but not dependent upon, supercoiling and suggests a possible triplex conformation at one portion of the Mbr (peak I). We have used circular dichroism to test whether the predicted third strand of that suggested structure can indeed form a triplex with the duplex at peak I, and it does so with 1:1 stoichiometry. Using an intracellular minichromosomal assay, we show that the non-B DNA structure formation is critical for the breakage at the bcl-2 Mbr, because a 3-bp mutation that disrupts the putative peak I triplex also markedly reduces the recombination of the Mbr. A three-dimensional model of such a triplex is consistent with bond length, bond angle, and energetic restrictions (stacking and hydrogen bonding). We infer that an imperfect purine/purine/pyrimidine (R.R.Y) triplex likely forms at the bcl-2 Mbr in vitro, and in vivo recombination data favor this as the major DNA conformation in vivo as well.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».