Alternative Sites for Proton Entry from the Cytoplasm to the Quinone Binding Site in <i>Escherichia coli</i> Succinate Dehydrogenase
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli succinate dehydrogenase (Sdh) belongs to the highly conserved complex II family of enzymes that reduce ubiquinone. These enzymes do not generate a protonmotive force during catalysis and are electroneutral. Because of its electroneutrality, the quinone reduction reaction must consume cytoplasmic protons which are released stoichiometrically during succinate oxidation. The X-ray crystal structure of E. coli Sdh shows that residues SdhB (G227), SdhC (D95), and SdhC (E101) are located at or near the entrance of a water channel that has been proposed to function as a proton wire connecting the cytoplasm to the quinone binding site. However, the pig and chicken Sdh enzymes show an alternative entrance to the water channel via the conserved SdhD (Q78) residue. In this study, site-directed mutants of these four residues were created and characterized by in vivo growth assays, in vitro activity assays, and electron paramagnetic resonance spectroscopy. We show that the observed water channel in the E. coli Sdh structure is the functional proton wire in vivo, while in vitro results indicate an alternative entrance for protons. In silico examination of the E. coli Sdh reveals a possible H-bonding network leading from the cytoplasm to the quinone binding site that involves SdhD (D15). On the basis of these results we propose an alternative proton pathway in E. coli Sdh that might be functional only in vitro.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».